Разработване на иновативна софтуерна платформа за автоматизирано молекулно моделиране на кристалографски данни на протеини в комплекс с малки молекули.

Проектът включва разработване на платформа за автоматизирано молекулно моделиране на ко-кристалографски данни на протеини в комплекс с малки молекули. Необходимостта е породена от нуждата от високо специфични и селективни химични молекулни проби за изследване на биологичната функция на киназните ензими. Те изпълняват изключително важни клетъчни функции, свързани със сигнализация, регулация на клетъчни процеси и молекулни взаимодействия и са едни от основните класове ензими - фармакологични цели на лекарства за лечение на различни злокачествени заболявания. Намирането на специфични молекулни проби за определен тип кинази е трудна задача, тъй като голям брой от известните ниско-молекулни лиганди се свързват с консервативни участъци на протеините и са с ниска специфичност. Чрез създаденото портфолио от модели на кинази ще се използва иновативен метод на молекулно моделиране за откриване на нови, специфични проби с висок афинитет. Иновацията ще доведе и до изграждане на нова, уникална класификация на протеин-киназите, базирана на специфично представяне на енергийни полета и техни стриктно дефинирани математически характеристики, позволяващи систематична обработка. Откритите проби ще се предлагат на биотехнологични компании, специализирани в производството на молекулни проби. Те имат разнообразни приложения: белязване на клетъчни компоненти, сортиране на клетки, разработване на ензимни анализи. Очаквани резултати: създаване на софтуер за обработка на входни данни с кристалографска информация и конвертирането им във формат, удобен за моделиране; изграждане на платформа за откриване на нови химични проби за кинази чрез иновативно молекулно моделиране; създаване на нови класификационни системи за кинази с налична ко-кристалографска информация. Дейности по проекта: извършване на изследвания, изпитвания, измервания, необходими за разработването на иновацията; придобиване на ДМА (хардуер) и ДНА (специализиран софтуер); визуализация на проекта.

Коментари